«Армагеддон» считается греческим производным от древнееврейского названия др.-евр. הַר מְגִדּוֹ хар Мегиддо «гора Мегиддо», по названию древнего города Мегиддо (Мегиддон) у подножия хребта Кармель на севере Израиля.

Благодаря своему стратегическому положению город Мегиддо (также: Мегиддон), контролирующий проход по Морскому пути, и прилежащая долина Изреель (иногда называемая «равнина Мегиддо»), на протяжении более чем 3 тысяч лет стали свидетелями многих исторических сражений. Эта местность известна по Библии как место многих кровавых битв и умерщвления царя Иосии. Здесь на «водах Мегиддо» израильтяне под предводительством Деворы и Варака разгромили войско ханаанского военачальника Сисары

Историк Эрик Клайн отмечает, что многие из происходивших здесь битв были первыми или последними в своем роде. Именно здесь произошла первая документально зафиксированная битва, известная человечеству — в первой битве при Мегиддо египетский фараон Тутмос 3 разбил ханаанских царей в 15 веке до нашей эры. Здесь состоялась первая зафиксированная в литературе ночная вылазка, когда всего 300 человек во главе с Гедеоном одержали победу над огромным войском мадианитян. Монгольские войска, захватившие большую часть Азии в 13 веке, своё первое поражение потерпели именно в этой долине. На расположенной рядом горе Гелвуй нашёл свой конец царь Саул и его сын Ионафан, когда филистимляне разгромили израильское войско. На равнине Мегиддо был убит праведный царь Иосия после поражения в битве с войсками фараона Нехо 2. Клайн пишет: «В течение столетий Мегиддо и долина Изреель служили центром военных действий, которые определяли ход истории», и предполагает, что с этим может быть связано указание Иоанном Богословом Мегиддо как места финальной битвы добра и зла.

Археолог Мэтью Адамс, проводивший раскопки лагеря 6 Железного легиона под Мегиддо, обращает внимание, что вся образность «Книги откровения» навеяна недавними и готовящимися восстаниями евреев и других религиозных групп региона против римского владычества. Чтобы освободить Израиль от римских «язычников», евреям и христианам нужно было в первую очередь одолеть легион, расквартированный у Мегиддо. Поэтому эта местность и воспринималась как территория последней из битв.

Холм образован из 26 слоёв древних поселений высотой около 60 м. Первые следы человеческого пребывания в Мегиддо датированы 4 тысячелетием до н. э. В 3 тысячелетии до н. э. на этом месте уже стоял город с огромной стеной, который являлся важнейшим египетским военно-политическим центром в Ханаане. Согласно Ветхому Завету, именно в этой долине Бог чудесным образом спас Израиль от Ханаанского царя Иавина, более известный как царь Асора, которого завоевал Иисус Навин, Вождь племени Израиль. На берегу потока Киссона (Кишон) были казнены жрецы Ваала перед лицом пророка Ильи.

Археологическое исследование холма начал в 1903 году Готлиб Шумахер (Германия). Результаты раскопок 1920-х годов экспонируются в иерусалимском музее Рокфеллера. К числу наиболее интересных находок относят следы огромных конюшен и несколько зданий железного века.

В 2005 году было объявлено об обнаружении в окрестностях Мегиддо останков древнейшей церкви Святой земли (конец 3 или начало 4 века). В том же году вместе с холмами Хацор и Беэр-Шева холм Мегиддо был объявлен ЮНЕСКО памятником Всемирного наследия.